La Universidad Autónoma de Nuevo León organiza los programas educativos por Escuelas y Facultades, que integran disciplinas afines. También existen direcciones generales y departamentos centrales, que apoyan a las Facultades para beneficio de la formación de los universitarios.
En las Facultades y Escuelas el máximo órgano de decisión es la Junta Directiva, formada por los maestros e investigadores de la dependencia y un número igual de representantes alumnos, electos democráticamente de conformidad con sus respectivos Reglamentos Internos. La autoridad ejecutiva corresponde al Director, quien dura tres años en su cargo y puede ser reelecto una sola vez.